Varsayılan uygulamayı değiştirirseniz, henüz Python3 geçişini yapmamış uygulamaların çalışmasında sorun yaşayabilirsiniz. Bu sebeple değiştirmemek daha uygun olacaktır.
Pycharm uygulamasının topluluk sürümü depoda varmış, Yazılım Yöneticisinden aratıp kurabilirsiniz.
Düzenleme: Depoda görünen Flatpak uygulamasıymış, inceleyince bayağı bir dosya indirilmesi gerektiğini fakettim. Bunun yerine aşağıdaki komutlarla PPA deposundan kurulum yapılabilir.
sudo add-apt-repository ppa:viktor-krivak/pycharm
apt update
apt install pycharm