Yazılım Yöneticisinden kaldırılan paketlerin yapılandırılma dosyaları kaldırılmaz. Bunun için sonrasında Yazılım Kaynaklarını açıp, Bakım sekmesi altında bulunan "Ayar kalıntılarını temizle" düğmesini kullanabilirsiniz.
Bir de kurulum sırasında paketle birlikte bazı bağımlıklarda kurulabilir. Bunlar klasik uygulama kaldırma yöntemi kullanıldığında otomatik olarak kaldırılmazlar. Bu paketler başka paketlerin bağımlılığı da değilse, artık sistem tarafından kullanılmayan atıl paketlerdir. Bunları aşağıdaki komutla kaldırabilirsiniz.
sudo apt-get autoremove
Eğer farkında olmadan sistemle ilgili önemli bazı meta paketleri (örneğin mint-meta ile başlayan paketler gibi) kaldırdı iseniz, yukarıdaki komut masaüstü ortamı ile ilgili bazı paketleri de silebilir. Bunun için komutu önce aşğaıdaki şekilde çalıştırınız.
sudo apt-get autoremove -s
Bu şekilde komut simule edilir, önemli paketlerin silinip silinmeyeceğini anlayabilirsiniz. Son komutun çıktısını paylaşırsanız böyle bir husus var mıdır inceleyelim.