Ben kendi sistemimde güncelleme öncesi bir sorun yaşamadım, ama sizin bahsettiğiniz depodan güncelleme yapınca altyazılar aynı hata ile yüklenmedi. Bu sebeple konu başlığını eski haline getirmek uygun olacaktır.
Bu sorunu 3 farklı şekilde çözebilirsiniz.
1. PPA deposundan kurduğunuz sürümdeki sorunu çözmek için aşağıdaki komutu çalıştırınız. Bu başarılı olursa sonraki işlemleri uygulamayınız.
mkdir -p ~/.cache/vlc
2. Depodan vlc-plugin-vlsub paketini yükleyiniz. Bu öneriye ek olarak; aşağıdaki komutla VLC paketi ile gelen vlsub dosyasının adını değiştiriniz.
sudo mv /usr/lib/x86_64-linux-gnu/vlc/lua/extensions/VLSub.luac /usr/lib/x86_64-linux-gnu/vlc/lua/extensions/VLSub.luac.yedek
3. PPA deposundaki sürümü kaldırıp, resmi depodaki sürüme geçiniz. Bunun için önce aşağıdaki komutlarla eklediğiniz PPA depoalarını kaldırn.
sudo add-apt-repository -r ppa:jonathonf/ffmpeg-4
sudo add-apt-repository -r ppa:jonathonf/vlc-3
sudo apt update
Ardından Yazılım Kaynakları aracının Bakım sekmesinden, Dış paketlerin sürümünü düşür düğmesine tıklayın ve tüm paketleri seçip depodaki sürümlerine düşürün.