Kurup kaldırdığınız paketlerin yapılandırma artıklarını Yazılım Yöneticisinin Bakım bölümünden temizleyebilirsiniz. Bu sadece paketlerin yapılandırma dosyalarını temizler. Uygulamaları çalıştırdığınızda kullanıcı için oluşturulan yapılandırma dosyalarını temizlemez. Uygulamaların kullanıcı yapılandırma dosyaları, doğrudan kullanıcı ev dizini altında ya da ev dizini altındaki .config gizli dizininde bulunur. Bazı uygulamaların ev dizini altındaki .cache gizli dizini altında önbellekleme dosyaları bulunabilir. Bu dosyaları elle temizlemek gerekir, bu dosyaları silmek kurulu bir uygulamanın yapılandırmasını da sıfırlar.
Örneğin, Chromium web tarayıcısını kurup sonradan kaldırdınız, bunun paket ile kurulan yapılandırma dosyalarını Yazılım Kaynaklarından temizleyebilirsiniz. Chromium uygulamasının kullanıcı yapılandırma dosyaları artık gerekli değilse (yani bir daha kurmayacaksanız) .config dizini altındaki chromium dizinini de silebilirsiniz.
Gizli dizinleri CTRL+H tuşları ile görünür ve gizli yapabilirsiniz.
