Burada aynı sorunla ilgili hata kaydı açılmış, ilgili hata kaydını takip etmeniz uygun olabilir.
Xamarin deposundan kurulan sürüm daha yüksek olduğu için, PPA deposunu ekleyince güncelleme gelmemiş. Aşağıdaki komut ile PPA deposundaki sürümü yüklemeyi dener misiniz?
sudo apt-get install monodevelop=5.0.1-0vk1~trusty0
