Uyğulamayı aşağıdaki komut ile kaldırısanız, kök dizin altındaki kurulum sırasında oluştuulan ayar dosyları temizlenir.
sudo apt-get purge uygulama_ismi
Ya da Synaptic Paket Yöneticisini açıp, uygulamanın paketini bulduktan sonra üzerine sağ tıklayıp tamamen kaldır seçeneğini kullanabilirsiniz. Normal uygulama kaldırmalarda bu ayar dosyları silinmeyebilir.
Ama çoğu uygulama, kullanıcı ev dizininde (home) ayar dosyası ya da dizini bırakabiliyor. Örneğin Firefox için gizli .mozilla dizini gibi. Bu tip diznleri elle temizlemeiz gerekir.