Cinnamon'un pencere yöneticisi Mufiifn'dir. Panel, uygulamacıklar, eklentiler gibi öğelerden de Muffin sorumludur. Yani açılış sırasında Nemo dosya yöneticisinin çalışmasını engellerseniz, sadece pencere yöneticisi ile muhatap olursunuz, ama Muffin (çatallandığı Mutter gibi) klasik bir pencere yöneticisinden farklıdır.
Bahsettiğiniz şekilde sadece pencere yöneticisi olarak Openbox'ı kullanabilirsiniz. Zaten Openbox'ı kurup bununla oturum açtığınızda Cinnamon'un öğelerine doğrudan erişemezsiniz. Arama motorlarından aratarak Openbox'ı nasıl yapılandıracağınız ile ilgili konulara ulaşabilirsiniz. Ortamı istediğiniz duruma getirince Synaptic Paket Yönetisi yardımıyla Cinnamon, Nemo ve Muffin ile lgili öğeleri silebilrisiniz.
