Sistemin kararlı çalışıp çalışmaması eklediğiniz deponun içeriğine göre değişebilir. Örneğin GTK+ son sürümünün bulunduğu deneysel bir PPA deposundan güncelleme yapmanız sisteminizde kararsızlık sorunları çıkarması olasılığı bulunabilir, bu durum sistemin diğer ana kompenentleri olan çekirdek, X sunucusu ve Mesa sürücüleri gibi öğerlerin bulunduğu depolar için de geçerli olabilir.
Bu ür depolardan güncelleme alıp kararsızlık sorunları yaşıyosanız, ilgili depoyu kaldırıp Yazılım Kaynakları aracındaki "Dış paketlerin sürümünü düşür" seçeneği ile resmi depodaki paketlere dönüş yapabilirsiniz. Bu durum çekirdek için geçerli değil, çekirdek değişikliği gibi işlemleri Güncelleme Yöneticisinin, Linux çekirdekleri aracı ile yapabilirsiniz. Ama sistemi kaldıracağınız çekirdekten farklı bir sürümle açmanız gerekir.
PPA ya da 3. parti bir depodan yükleyeceğiniz yazılmlar ise genel sistem kararsızlığı oluşturmazlar, bunlarla ilgili sorunlar genellikle kurduğunuz yazılımın kendisi ile sınırlıdır, basit biçimde bu yazılımları kaldırabilir ya da depodaki sürümlerine dönerek sorunu çözebilirsiniz.
Eklediğiniz depolardaki sorunlar ise genellikle GPG anahtarı ya da DNS ile ilgilidir. Bunlar sistemi kararsızlaştıracak hususlar değildir, ama sistem güncellemesinde sorun çıkartabilirler. Bu tür sorunlar genellikle çözüme ulaşılabilen sorunlar oluyor ve çözüm sonrasında sıkıntı yaşanma olasılığı düşük oluyor.
Kendi adıma özel bir durum olmadıkça, mümkün olduğunca yazılımların depodaki sürümlerini kullanıyorum. Mesela VLC gibi bir yazılımın en güncel ya da belirli bir sürümünü kullanmanın bir sebebi yoksa, VLC yazılımın depodaki sürümünü kullanmak benim için yeterli oluyor.