Çıktılardan anladığım kadarıyla, Linux Mint 18.x deposundan kurduğunuz Spyder3 uygulamasının 2.3.8.x sürümü. Linux Mint 19 deposunda ise 3.2.6.x sürümü mevcut.
Linux Mint 18.x için aşağıdaki komutla depodan kurduğunuz paketleri kaldırıp,
sudo apt purge spyder3
aşağıdaki komutlarla pip3 yardımıyla kurmayı deneyebilirsiniz.
sudo apt install python3-pip python3-setuptoolssudo pip3 install spyder
Gerektiğinde aşağıdaki komutla güncelleme yapabilirsiniz.
sudo pip3 install -U spyder