Ben Manjaro kullanıyorum. Bende de aynı sorun var. USB'ler çok fazla bozuluyor, dosya atamıyorsun düzgün içine bikaç kez kontrol etmen hatta bazen bikaç kez atman gerekiyor. 3 pc (birinde manjaro, birinde pappermint ve birinde Mint vardı.) ve 5 farklı usbde denedim hepsinde benzer sorunlar oldu. Windows'daki kararlık yok malaseef nedense.
Benim çözümüm şu oldu: çok daha hassas davranıyorum harici disklere. Dosya kopyalarken asla bitmeden işlem bitmeden kapat çek filan yapmıyorum. Kesinlikle usb bozuluyor, yeniden formatlamak zorunda kalıyorsun (tamam bu normalde zaten yapılmaması gereken bir şey ama windows'da usbyi formatlama zorunda kalma durumu daha az rastlanır). USB'yi önce pcde eject (çıkar) seçeneğinden çıkartıyorum. Tam olarak işlem bitmeden bilgisayardan çıkartmıyorum. Ayrıca USBleri genelde ext4 veya fat32 olarak formatlıyorum, zorunda kalmadıkça NTFS yapmıyorum.
USB'yi direk pcden çıkartmaya alışmışsan önce dosya yöneticin üzerinden çıkart (eject) yaparak çıkar daha sonra pcden çıkart. FAT32 ve ext4 olarak formatlayıp kullan. Özellikle dosya yöneticinden önce çıkarta basıp çıkarttınca atılan dosyayı görememe sorununu yaşamıyorsun.